More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1860 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  90.7 
 
 		 303 aa  570  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  42.27 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  39.18 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3398  transcriptional regulator, LysR family protein  32.99 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  158  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 312 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  32.08 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 324 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 324 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 324 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.27 
 
 		 289 aa  152  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  32.18 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  31.65 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 293 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 334 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  32.18 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  31.54 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.91 
 
 		 289 aa  149  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  31.65 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.27 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  31.94 
 
 		 315 aa  146  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  34.03 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  31.21 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.03 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  34.03 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  31.71 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3340  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659318 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 345 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>