More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3340 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3340  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659318 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1294  LysR family transcriptional regulator  62.89 
 
 		 310 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 300 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 311 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 343 aa  188  9e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6125  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.54 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.479061  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.98 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.52 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 291 aa  169  7e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 338 aa  168  8e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.62 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 300 aa  162  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  32.78 
 
 		 292 aa  162  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 307 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.69 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.08 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  34.81 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 290 aa  159  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 322 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.59 
 
 		 315 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 302 aa  158  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 		 310 aa  158  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  33.9 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>