More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4009 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  627  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  99 
 
 		 300 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 303 aa  541  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  88.67 
 
 		 300 aa  541  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 303 aa  541  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 303 aa  541  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3340  transcriptional regulator, LysR family  42.4 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659318 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1294  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 310 aa  205  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 343 aa  196  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 325 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.4 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 335 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 		 315 aa  178  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6125  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.13 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.479061  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 289 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.3 
 
 		 290 aa  175  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.57 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 300 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 313 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 325 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.81 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.33 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 320 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 290 aa  165  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>