More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5503 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  603  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3741  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 285 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 335 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.05 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.36 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.21 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 312 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  33.88 
 
 		 312 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 324 aa  178  9e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 312 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 312 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 312 aa  176  5e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 295 aa  175  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.72 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  34.88 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 326 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  34.55 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  34.55 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  34.22 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 316 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6116  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 410 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>