More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6116 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6116  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 410 aa  834    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0643  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  233  6e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0399655 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3896  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  233  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.738753  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3808  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  233  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 301 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 295 aa  194  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.1 
 
 		 307 aa  194  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 298 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 297 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 297 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 291 aa  189  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 298 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 298 aa  186  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  186  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.62 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 295 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 310 aa  183  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 313 aa  182  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  36.49 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 309 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 301 aa  180  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.89 
 
 		 300 aa  180  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 310 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.22 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  179  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  34.69 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  179  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  177  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 312 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  32.44 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 337 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  176  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 309 aa  176  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 313 aa  176  8e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  176  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 305 aa  176  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.98 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  32.55 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 313 aa  173  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  173  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 320 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 303 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 300 aa  171  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 302 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 317 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 302 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  170  5e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>