More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1915 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  620  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  90.7 
 
 		 301 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  90.7 
 
 		 301 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  41.92 
 
 		 296 aa  246  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  39.86 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3398  transcriptional regulator, LysR family protein  32.29 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  32.32 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  33.45 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  34.36 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  152  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  33.11 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.72 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 324 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  32.99 
 
 		 304 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.42 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 313 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  32.99 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  31.97 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  31.97 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  31.56 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  31.68 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.99 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  32.31 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 345 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 334 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 320 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>