More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1434 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 328 aa  676    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 314 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  61.86 
 
 		 315 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 316 aa  379  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 314 aa  368  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 344 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 329 aa  328  6e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 329 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 329 aa  326  3e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  49.68 
 
 		 329 aa  326  3e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 330 aa  326  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 329 aa  325  5e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 330 aa  325  5e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 331 aa  324  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  31.63 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  30.27 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  30.54 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.99 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  27.99 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  29.45 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4265  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.503566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.92 
 
 		 318 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  30.13 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.49 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 320 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 320 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3085  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 313 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  27.62 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  28.03 
 
 		 315 aa  123  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 294 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 328 aa  122  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0356  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 362 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.681005  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0535  LysR family regulatory protein  27.74 
 
 		 362 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.077291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0326  LysR substrate binding domain protein  27.94 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.457404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1665  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0884032  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  29.03 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0344  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  26.12 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>