More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0552 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  99.39 
 
 		 330 aa  679    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  684    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  91.84 
 
 		 331 aa  624  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  88.48 
 
 		 329 aa  598  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  86.93 
 
 		 329 aa  592  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  83.94 
 
 		 329 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 329 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  83.03 
 
 		 329 aa  567  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  83.03 
 
 		 344 aa  567  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 314 aa  350  3e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 316 aa  342  5e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  51.59 
 
 		 315 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 314 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  51.89 
 
 		 328 aa  325  5e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 320 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  31.49 
 
 		 315 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 302 aa  149  9e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 291 aa  149  9e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  31.72 
 
 		 291 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  29.45 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3801  LysR substrate binding domain protein  31.63 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  31.74 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  31.86 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  31.63 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  30.13 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  31.29 
 
 		 300 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 305 aa  143  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.41 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  31.29 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0344  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0535  LysR family regulatory protein  32.65 
 
 		 362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.077291  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0356  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.681005  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 327 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  31.85 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 328 aa  139  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 305 aa  139  8.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.67 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>