More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3694 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  649    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  81.65 
 
 		 314 aa  550  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  73.1 
 
 		 314 aa  490  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  73.65 
 
 		 315 aa  484  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  60.14 
 
 		 328 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 329 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 330 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 329 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  53.26 
 
 		 329 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 330 aa  342  5e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 344 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 331 aa  341  1e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 329 aa  340  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 329 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  30.1 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 317 aa  142  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  28.87 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 306 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.27 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  28.67 
 
 		 296 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 334 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 334 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 298 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 334 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>