More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4313 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  645    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  87.54 
 
 		 315 aa  580  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  73.1 
 
 		 316 aa  490  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  70.7 
 
 		 314 aa  476  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  63.57 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 329 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 330 aa  351  8e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 330 aa  350  3e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  50.92 
 
 		 329 aa  348  9e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  50.61 
 
 		 329 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  50.61 
 
 		 344 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 331 aa  344  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 329 aa  342  4e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 329 aa  340  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  31.08 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3085  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  28.72 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 316 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 353 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.47 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 331 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  30.48 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.72 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  29.84 
 
 		 312 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>