More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0468 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  643    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  81.65 
 
 		 316 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  70.7 
 
 		 314 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  71.7 
 
 		 315 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  58.76 
 
 		 328 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 329 aa  341  8e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 330 aa  338  5e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 329 aa  338  7e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 329 aa  338  8e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  52.92 
 
 		 329 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 344 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 330 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 331 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 329 aa  332  6e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  30.33 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  28.47 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 311 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  32.28 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  27.34 
 
 		 299 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 320 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 309 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 353 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  30.69 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 345 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 330 aa  133  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 299 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 313 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  132  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  28.1 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 359 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 359 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>