More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0631 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  100 
 
 		 315 aa  652    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  87.54 
 
 		 314 aa  580  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 316 aa  484  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  71.7 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  61.86 
 
 		 328 aa  388  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  50.31 
 
 		 329 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  49.69 
 
 		 329 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 330 aa  341  8e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 344 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 329 aa  340  1e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  53.61 
 
 		 329 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 330 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 331 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 329 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  30.1 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 302 aa  145  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3085  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 317 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  32.78 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  32.44 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.97 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 320 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 304 aa  133  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  29.73 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  30.51 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 359 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.72 
 
 		 315 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 359 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>