More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1244 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  610  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  59.39 
 
 		 309 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 319 aa  371  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 297 aa  353  1e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 307 aa  225  6e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.59 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.16 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.54 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 335 aa  212  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  209  6e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.68 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.07 
 
 		 290 aa  206  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 322 aa  205  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 309 aa  205  9e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 295 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 313 aa  199  3e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.15 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  198  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 351 aa  198  9e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 367 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0813  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 292 aa  195  6e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.909105  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 367 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 300 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 362 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 349 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 349 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 349 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.42 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>