More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0701 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  679    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  88.52 
 
 		 331 aa  599  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  88.48 
 
 		 330 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  88.48 
 
 		 330 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  86.81 
 
 		 329 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  84.97 
 
 		 329 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  84.66 
 
 		 329 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  84.36 
 
 		 329 aa  570  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  84.05 
 
 		 344 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 314 aa  342  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 316 aa  340  2e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  54.3 
 
 		 315 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 314 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  51.89 
 
 		 328 aa  328  8e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  33.56 
 
 		 293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  31.46 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  31.53 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 312 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3801  LysR substrate binding domain protein  31.74 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  31.74 
 
 		 300 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  29.11 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.97 
 
 		 300 aa  146  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 306 aa  146  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  31.4 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  31.4 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0176  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  31.4 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 297 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  32.19 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0910  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 302 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  30.48 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  28.96 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  28.52 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  28.52 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  29.19 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 353 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4062  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0198165  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  31.85 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4520  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  0.633071 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0344  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0306  LysR family regulatory protein  31.14 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489462  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0535  LysR family regulatory protein  31.14 
 
 		 362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.077291  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0356  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.681005  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0158  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>