More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_0642 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  99.39 
 
 		 329 aa  675    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  97.87 
 
 		 329 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  680    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  99.09 
 
 		 344 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  89.02 
 
 		 329 aa  609  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  84.66 
 
 		 329 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  84.29 
 
 		 331 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  84.1 
 
 		 330 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 330 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  50.92 
 
 		 314 aa  348  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 316 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  49.69 
 
 		 315 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 314 aa  338  7e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  50.5 
 
 		 328 aa  324  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  33.56 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.23 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 299 aa  153  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  32.29 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3801  LysR substrate binding domain protein  32.08 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  32.08 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  31.74 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 320 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  31.74 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  31.83 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 294 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 313 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  31.74 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  30.48 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  29.55 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.87 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1380  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  30.24 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  29.11 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  30.8 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>