More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3085 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3085  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  646    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4265  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 312 aa  315  8e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.503566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.05 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.79 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 309 aa  199  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.45 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 322 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.08 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.86 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 293 aa  189  8e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 289 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 294 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 316 aa  185  9e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  35.1 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 362 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  35.59 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.8 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 324 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 324 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 324 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>