More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002880 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 291 aa  603  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  96.56 
 
 		 291 aa  587  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  81.44 
 
 		 299 aa  513  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  69.12 
 
 		 291 aa  427  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3354  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3426  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3551  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3007  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0333  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.13 
 
 		 289 aa  169  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  33.68 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3921  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  34.8 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 300 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 288 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.13 
 
 		 290 aa  162  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  32.49 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  31.71 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 342 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 295 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 315 aa  158  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  158  9e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 323 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1001  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 316 aa  157  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  28.81 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 324 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>