More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4263 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  613  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 
298 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  54.1 
 
 
306 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 
299 aa  341  7e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  52.63 
 
 
308 aa  340  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  54.24 
 
 
308 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0176  transcriptional regulator, LysR family  55.93 
 
 
305 aa  335  5e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0158  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 
305 aa  330  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0225  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 
318 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0247  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 
305 aa  324  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000112344 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3774  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 
305 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0248  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
305 aa  321  8e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000146756 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0910  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 
306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0246  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 
307 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  51.38 
 
 
299 aa  315  7e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0249  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 
307 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 
337 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0246  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 
307 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3801  LysR substrate binding domain protein  48.47 
 
 
300 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  48.47 
 
 
300 aa  305  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  48.47 
 
 
300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  48.47 
 
 
300 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  48.14 
 
 
300 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 
299 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5692  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 
301 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6056  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 
301 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18637  normal  0.867565 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 
299 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 
303 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3356  transcriptional regulator, LysR family  52.33 
 
 
313 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6541  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 
301 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95038  normal  0.402814 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 
327 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 
299 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 
299 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 
299 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 
297 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 
299 aa  291  8e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 
314 aa  289  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  47.65 
 
 
297 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4062  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 
301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0198165  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4520  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 
301 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  0.633071 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 
299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 
323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 
299 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.48 
 
 
323 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  44.48 
 
 
323 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 
323 aa  280  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 
310 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1053  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
350 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
323 aa  279  4e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 
316 aa  278  7e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0591  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 
297 aa  275  5e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  46 
 
 
300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 
303 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 
303 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 
303 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 
303 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0919  transcriptional regulator, LysR family protein  39.47 
 
 
307 aa  267  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 
303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
338 aa  266  4e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 
305 aa  261  6.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3062  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
300 aa  262  6.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  43.64 
 
 
315 aa  259  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.59 
 
 
305 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 
314 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 
314 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 
301 aa  259  6e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 
303 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
309 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
334 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
334 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
300 aa  252  5.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5815  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 
311 aa  252  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.163492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 
303 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
334 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
334 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
334 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
334 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
334 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 
305 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
334 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
334 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
334 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
334 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
334 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0812  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
309 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108647  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
334 aa  248  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
298 aa  248  8e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
334 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
303 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
305 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 
334 aa  245  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
305 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 
300 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1410  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  normal  0.531112 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>