More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3972 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  639    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 297 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 		 297 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 297 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  69.36 
 
 		 300 aa  451  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  72.24 
 
 		 304 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 		 301 aa  431  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 322 aa  286  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 294 aa  280  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  47.49 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 307 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 294 aa  261  8.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 296 aa  261  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 297 aa  256  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 296 aa  255  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  46.58 
 
 		 296 aa  255  8e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  254  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 296 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  46.44 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  249  3e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  41.16 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 303 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 293 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  31.85 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 339 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2966  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.23829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0309  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.765891  normal  0.171881 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>