More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3141 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 304 aa  636    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  92.76 
 
 		 303 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  92.43 
 
 		 303 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  87.92 
 
 		 298 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  69.46 
 
 		 301 aa  461  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  69.13 
 
 		 301 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  69.13 
 
 		 301 aa  456  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 296 aa  444  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 301 aa  423  1e-117  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 296 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  54.73 
 
 		 296 aa  362  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  54.73 
 
 		 296 aa  362  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 296 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  54.73 
 
 		 296 aa  361  9e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 307 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  53.38 
 
 		 296 aa  354  8.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 296 aa  353  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 297 aa  345  5e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  54.24 
 
 		 307 aa  345  7e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 307 aa  344  8.999999999999999e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 307 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 294 aa  336  1.9999999999999998e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 307 aa  333  2e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 297 aa  332  6e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 322 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  47.1 
 
 		 294 aa  294  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 300 aa  277  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 297 aa  262  4e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  41.24 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 304 aa  248  8e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  30.8 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  30.1 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.55 
 
 		 289 aa  149  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  30.1 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  29.76 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 330 aa  148  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  29.76 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.23 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 291 aa  146  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.38 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  29.07 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.95 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>