More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1452 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 307 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  96.62 
 
 		 307 aa  594  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  94.61 
 
 		 307 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  91.58 
 
 		 307 aa  569  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  85.19 
 
 		 307 aa  541  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  84.51 
 
 		 297 aa  525  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  65.42 
 
 		 296 aa  418  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 296 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  56.95 
 
 		 296 aa  361  6e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  56.95 
 
 		 296 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  56.95 
 
 		 296 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  58.64 
 
 		 296 aa  359  3e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 296 aa  358  5e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 294 aa  354  7.999999999999999e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 298 aa  351  7e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  53.9 
 
 		 304 aa  345  4e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 301 aa  342  5e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 301 aa  341  7e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 301 aa  341  7e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  52.88 
 
 		 303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 322 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  52.54 
 
 		 303 aa  334  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 301 aa  331  7.000000000000001e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 300 aa  298  9e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 297 aa  296  4e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 294 aa  286  2.9999999999999996e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 301 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 297 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  45.85 
 
 		 300 aa  256  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  33.56 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  33.67 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  33.22 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  33.22 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  33.22 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  31.88 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 330 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.3 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 293 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 343 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.08 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  30.61 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  28.91 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  32 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>