More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2899 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  660    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  60.81 
 
 		 300 aa  356  2.9999999999999997e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  58.22 
 
 		 294 aa  342  4e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  56.16 
 
 		 307 aa  341  8e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 307 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 307 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 297 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 307 aa  335  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 296 aa  335  7.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 297 aa  329  3e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 		 296 aa  328  5.0000000000000004e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 307 aa  323  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 301 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 301 aa  316  3e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 301 aa  316  3e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 296 aa  315  7e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  52.58 
 
 		 296 aa  311  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  52.58 
 
 		 296 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  52.58 
 
 		 296 aa  311  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 297 aa  305  7e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  52.94 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 296 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  46.55 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  46.15 
 
 		 304 aa  300  3e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  46.9 
 
 		 303 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 298 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 313 aa  286  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  47.08 
 
 		 300 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 297 aa  275  8e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  34.03 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.58 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  32.99 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  30.23 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 292 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  32.99 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 292 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0972  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  32.99 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 299 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 298 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.07 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  29.8 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.41 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>