More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1763 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  613  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  78.26 
 
 		 304 aa  472  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  75.68 
 
 		 297 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 297 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 297 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 		 313 aa  451  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  71.04 
 
 		 301 aa  447  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 322 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  47.24 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 294 aa  259  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 307 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 307 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 307 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  47.22 
 
 		 296 aa  256  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 296 aa  255  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 307 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 296 aa  255  8e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 296 aa  254  9e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 296 aa  249  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  46.05 
 
 		 296 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  41.24 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 301 aa  248  7e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 300 aa  248  7e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 297 aa  246  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 296 aa  245  8e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 298 aa  244  9e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  32.29 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.06 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 321 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 325 aa  136  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  32.75 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>