More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3600 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  634    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  34.72 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1055  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234404  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2716  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0320253 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  30.58 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  27.92 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  29.72 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  26.62 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 312 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  29.58 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  28.81 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 293 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  25.09 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  26.5 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  26.24 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  26.71 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.7 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  25.35 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 317 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  26.39 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  27.68 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 279 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 293 aa  99  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>