More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3334 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  100 
 
 		 298 aa  587  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  80.87 
 
 		 298 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  81.21 
 
 		 298 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  59.6 
 
 		 306 aa  346  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 315 aa  345  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 322 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 315 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 302 aa  341  7e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  61.72 
 
 		 296 aa  331  9e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  61.99 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  60.48 
 
 		 299 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  60.82 
 
 		 299 aa  318  6e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 300 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 328 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 299 aa  315  6e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  59.93 
 
 		 299 aa  314  9e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  60.48 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  58.31 
 
 		 299 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 309 aa  308  5.9999999999999995e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  53.95 
 
 		 300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 301 aa  295  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 		 298 aa  291  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 293 aa  276  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  54.23 
 
 		 304 aa  275  9e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 298 aa  268  8e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 325 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 295 aa  212  7e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 318 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 152 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 152 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  35.56 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  34.98 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 293 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 319 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 332 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.63 
 
 		 295 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>