More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2599 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 306 aa  386  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 292 aa  368  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  58.76 
 
 		 293 aa  362  3e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2716  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 292 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0320253 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1055  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 309 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234404  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  33.11 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  27.18 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 339 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  31.18 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 293 aa  118  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  28.57 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 332 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 307 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 332 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 293 aa  115  8.999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 317 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  28.57 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  29.23 
 
 		 293 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>