More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3003 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1055  LysR family transcriptional regulator  87.33 
 
 		 309 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234404  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2716  LysR family transcriptional regulator  87.33 
 
 		 292 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0320253 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 292 aa  368  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 306 aa  343  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  55.14 
 
 		 293 aa  318  5e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 319 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 291 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  30.58 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.72 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 298 aa  118  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 298 aa  116  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  31.74 
 
 		 317 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 296 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  31.62 
 
 		 315 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 339 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  33.09 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.25 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  30.66 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 293 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 313 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 294 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30.31 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>