More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4058 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  591  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  87.54 
 
 		 292 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 		 306 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  87.25 
 
 		 306 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  86.93 
 
 		 290 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  84.97 
 
 		 304 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  52.54 
 
 		 302 aa  279  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 332 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 290 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0673  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 283 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 283 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3073  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.33 
 
 		 303 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.857861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 286 aa  158  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  37.54 
 
 		 280 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  38.49 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 318 aa  145  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3207  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 322 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.33 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.73 
 
 		 289 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 322 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  31.6 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.65 
 
 		 281 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>