More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4165 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  588  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  80.56 
 
 		 334 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  68.88 
 
 		 288 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  72.73 
 
 		 289 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  61.32 
 
 		 295 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  64.18 
 
 		 283 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  62.54 
 
 		 283 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  62.19 
 
 		 284 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  63.6 
 
 		 300 aa  334  7.999999999999999e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 301 aa  315  6e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 289 aa  309  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  54.77 
 
 		 286 aa  305  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 283 aa  275  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 328 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  32.53 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.14 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 339 aa  135  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 319 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  32.29 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.77 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 332 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 338 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 329 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  33.57 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.69 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.12 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2226  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 286 aa  129  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.359853  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>