More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1748 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  617  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 307 aa  311  1e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 328 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  35.46 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  32.55 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  35.84 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  31.42 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 315 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 315 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  28.18 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  29.39 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 303 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.37 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>