More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2937 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  644    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  93.71 
 
 		 318 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 294 aa  413  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  42.71 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 306 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  38.23 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 328 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  35.48 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 291 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.69 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 152 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 152 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  28.87 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  30.72 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25.7 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0031  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 311 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0043  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0232  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>