More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2965 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  91.22 
 
 		 297 aa  541  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 297 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  62.24 
 
 		 298 aa  371  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  61.09 
 
 		 297 aa  332  5e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 300 aa  325  8.000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 317 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 318 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 316 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 317 aa  202  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  45.35 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 338 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 293 aa  195  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 319 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 319 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  38.43 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 295 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  39.02 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 339 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 315 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 313 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 313 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 316 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  34.26 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 324 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  33.46 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1470  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.644584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 322 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 328 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>