More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1107 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  607  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  62.93 
 
 
297 aa  381  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 
297 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  62.24 
 
 
297 aa  371  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  62.24 
 
 
297 aa  371  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  56.27 
 
 
297 aa  319  3e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 
300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
295 aa  189  4e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
307 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
300 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
302 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
307 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
318 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
293 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
317 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  37.59 
 
 
312 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 
298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 
314 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  35.45 
 
 
293 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
296 aa  170  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
308 aa  170  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
301 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 
293 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
317 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
301 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
304 aa  168  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
316 aa  169  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
293 aa  168  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.5 
 
 
315 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
315 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 
296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
294 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
338 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
316 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  29.41 
 
 
289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
304 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
316 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
313 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
303 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
313 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 
303 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
319 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
319 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
295 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
293 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
319 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
316 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
295 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
339 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
304 aa  155  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
305 aa  155  9e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
319 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
323 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
305 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
306 aa  145  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
310 aa  142  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 
324 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
332 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
301 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 
315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 
298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  30.8 
 
 
317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 
298 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 
298 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
291 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 
298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 
298 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  35.83 
 
 
291 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 
298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
299 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
291 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
318 aa  117  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
315 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
315 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
322 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 
299 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>