More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01514 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 289 aa  595  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 325 aa  229  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 310 aa  208  6e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  201  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 339 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 319 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 291 aa  188  9e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 323 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 319 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  35.29 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  185  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 316 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 316 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.28 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 329 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 293 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 338 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 317 aa  178  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  31.79 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  33.56 
 
 		 317 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  30.22 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 318 aa  145  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 313 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.71 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.72 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>