More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0694 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  681    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  85.63 
 
 		 338 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  88.5 
 
 		 316 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  88.82 
 
 		 316 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  88.5 
 
 		 316 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  84.71 
 
 		 314 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  84.03 
 
 		 315 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  61.61 
 
 		 339 aa  433  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 319 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 319 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 318 aa  424  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 319 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 319 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 323 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 319 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  57.46 
 
 		 317 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 307 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 298 aa  262  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 295 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 295 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 303 aa  251  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 291 aa  250  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 301 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 301 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 295 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 295 aa  249  5e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 304 aa  249  6e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 315 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 316 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 298 aa  232  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  42.09 
 
 		 312 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 317 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 313 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  36.95 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 316 aa  208  9e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 293 aa  207  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 293 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 315 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 324 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  35.47 
 
 		 317 aa  186  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  185  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  34.62 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 296 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  36.1 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0771  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0576  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.268348 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>