More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1746 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  585  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 297 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 297 aa  348  9e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 297 aa  348  9e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 297 aa  346  3e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 300 aa  319  3e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 295 aa  199  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 295 aa  175  8e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 319 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 319 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 306 aa  171  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  37.05 
 
 		 312 aa  169  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  30.22 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.87 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  35.38 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 296 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  33.45 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 332 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 315 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  31.64 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>