More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6201 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 334 aa  676    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  80.56 
 
 		 289 aa  463  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  70.63 
 
 		 288 aa  417  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  74.62 
 
 		 289 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  62.24 
 
 		 295 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  64.66 
 
 		 284 aa  342  4e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  62.41 
 
 		 283 aa  341  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 300 aa  329  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  60.07 
 
 		 283 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  57.95 
 
 		 289 aa  310  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 301 aa  310  2.9999999999999997e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 286 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 283 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 291 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 308 aa  158  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 322 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  32.75 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 290 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  31.14 
 
 		 293 aa  139  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  29.76 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.4 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 296 aa  137  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.42 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 295 aa  133  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 323 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  30.66 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>