More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4514 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  567  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  96.58 
 
 		 306 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  96.58 
 
 		 306 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  94.52 
 
 		 304 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  96.89 
 
 		 290 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  87.54 
 
 		 306 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  55.71 
 
 		 302 aa  281  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  53.36 
 
 		 298 aa  247  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  53.36 
 
 		 298 aa  247  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 290 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 283 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 283 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  41.46 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0673  LysR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 290 aa  175  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 287 aa  172  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3073  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.62 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.857861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  39.22 
 
 		 280 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  40.77 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 317 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 317 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3207  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 302 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118279  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  147  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 334 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.86 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 329 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 283 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 303 aa  132  9e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.44 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.67 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.37 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  33.94 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>