More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3207 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3207  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  617  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3073  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  78.88 
 
 		 303 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.857861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 288 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.84 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0673  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 283 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 283 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  34.78 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  33.21 
 
 		 280 aa  142  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 295 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  28.52 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 293 aa  115  8.999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 339 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  28.92 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  28.88 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 318 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 287 aa  112  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.53 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 329 aa  109  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.01 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 323 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>