More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2389 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  98.94 
 
 		 283 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 283 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 290 aa  214  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  41.67 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3073  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.99 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.857861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 286 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  39.49 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3207  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  40.22 
 
 		 280 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0673  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 290 aa  179  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6193  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  42.24 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  42.24 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 287 aa  175  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  36.03 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 313 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 294 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 283 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.8 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  31.25 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  31.23 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 315 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>