More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1560 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  600  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  51.41 
 
 		 298 aa  309  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  51.23 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 295 aa  300  3e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  48.95 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 319 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 319 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 319 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 339 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 329 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 314 aa  247  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 316 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.96 
 
 		 315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 316 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 318 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  228  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 317 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 295 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 325 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 295 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  37.37 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 316 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 293 aa  212  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 304 aa  208  7e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 313 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 313 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 332 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  39.63 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 293 aa  195  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 295 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  36.27 
 
 		 293 aa  192  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  34.52 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  35.15 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.97 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 318 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0771  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 286 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  33.7 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 296 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0576  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.268348 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0364  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>