More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3246 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
301 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  40.68 
 
 
293 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
308 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 
298 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
293 aa  218  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
301 aa  219  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
302 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 
303 aa  216  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 
303 aa  216  4e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 
295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 
307 aa  211  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
295 aa  208  8e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 
300 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
293 aa  206  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
297 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
297 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
297 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
318 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  41.79 
 
 
304 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
319 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
323 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
319 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
319 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
317 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.91 
 
 
315 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
305 aa  195  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
319 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 
295 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
317 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
339 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 
314 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
300 aa  191  9e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
298 aa  189  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
306 aa  188  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
295 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
297 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
295 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
316 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
316 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
298 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
295 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
316 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
329 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
291 aa  180  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
338 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
298 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
295 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 
298 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  37.5 
 
 
317 aa  176  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  36.43 
 
 
312 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
316 aa  174  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
315 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
325 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 
296 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
305 aa  171  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
313 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
313 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 
324 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
332 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
301 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
301 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 
298 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  33.71 
 
 
289 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  37.55 
 
 
297 aa  158  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 
306 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
318 aa  152  7e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
307 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
310 aa  151  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
319 aa  149  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
291 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 
296 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1470  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
323 aa  135  8e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.644584  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 
294 aa  133  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0364  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
311 aa  133  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0576  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 
313 aa  132  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.268348 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0771  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
299 aa  132  7.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>