More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1718 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  613  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  63.21 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  63.86 
 
 		 313 aa  363  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  63.86 
 
 		 313 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  52.12 
 
 		 317 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  51.64 
 
 		 317 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 315 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 304 aa  269  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 316 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 329 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 307 aa  212  7.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 339 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 316 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.09 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 314 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 291 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 319 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 319 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 338 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 293 aa  198  9e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 295 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  39.51 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 295 aa  192  6e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 319 aa  192  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 325 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 319 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  39.36 
 
 		 296 aa  179  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  32.33 
 
 		 289 aa  158  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 324 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  31.42 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1470  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.644584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  36 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 290 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>