More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0619 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  611  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  59 
 
 
307 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
301 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
316 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 
307 aa  297  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 
300 aa  289  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
298 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  51.05 
 
 
302 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
308 aa  264  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
293 aa  263  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 
298 aa  262  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
300 aa  258  7e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  45.05 
 
 
293 aa  257  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 
293 aa  255  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
304 aa  255  8e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
304 aa  254  9e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 
293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 
317 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
315 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
293 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
305 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
293 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  42 
 
 
312 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 
317 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
297 aa  242  7e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
295 aa  239  5e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
295 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 
291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 
295 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 
329 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 
295 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
316 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 
295 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 
295 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
319 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
319 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
316 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 
316 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
307 aa  229  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
303 aa  229  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 
303 aa  229  6e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
339 aa  228  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 
296 aa  228  9e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
297 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
305 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
297 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
297 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 
301 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
338 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
301 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 
314 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
318 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
319 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.05 
 
 
315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 
295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 
317 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 
295 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
301 aa  216  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
325 aa  212  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 
315 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
300 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
319 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
296 aa  206  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
324 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
306 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
319 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
323 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
332 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 
298 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  36.81 
 
 
289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  38.25 
 
 
317 aa  196  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
316 aa  195  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
310 aa  195  6e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 
298 aa  195  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
300 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  41.61 
 
 
297 aa  193  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
283 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
322 aa  165  8e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
286 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
318 aa  159  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
332 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
283 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
283 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
290 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 
296 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
294 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
297 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>