More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0055 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  98.98 
 
 		 295 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  97.63 
 
 		 295 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  95.59 
 
 		 295 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  82.03 
 
 		 295 aa  504  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 301 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 301 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 329 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 316 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 316 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 316 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.28 
 
 		 315 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 303 aa  232  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 319 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 319 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 300 aa  231  8.000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  40.93 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 293 aa  219  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 291 aa  218  7e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  218  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 319 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 323 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  212  7.999999999999999e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  208  7e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  38.87 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 325 aa  195  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 317 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  35.93 
 
 		 317 aa  187  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 332 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 316 aa  182  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  35.29 
 
 		 289 aa  178  8e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.31 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>