More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1954 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  586  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  63.99 
 
 		 291 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  63.99 
 
 		 290 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  64.34 
 
 		 293 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 315 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 288 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  57.49 
 
 		 319 aa  332  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 298 aa  303  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  51.89 
 
 		 294 aa  279  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 293 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.81 
 
 		 295 aa  239  4e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 322 aa  187  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  35.66 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 293 aa  171  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  35.66 
 
 		 312 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 334 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.6 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 305 aa  148  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.16 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 313 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 324 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  33.92 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 325 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  32.65 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>