More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3258 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 303 aa  408  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  68.01 
 
 		 303 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  65.54 
 
 		 295 aa  385  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  61.56 
 
 		 296 aa  348  5e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 300 aa  335  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  51.41 
 
 		 291 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 319 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 319 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 319 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 339 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 319 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 307 aa  278  8e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 319 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.95 
 
 		 315 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 323 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 338 aa  271  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 316 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 316 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 316 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 318 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 329 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 301 aa  262  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 317 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 302 aa  254  9e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 325 aa  252  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 295 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 295 aa  241  9e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 295 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 295 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 332 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 293 aa  219  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  218  8.999999999999998e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 293 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  212  7.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  211  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  37.76 
 
 		 293 aa  208  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  36.95 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  39.01 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  36.88 
 
 		 289 aa  198  7.999999999999999e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 324 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  39.79 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 313 aa  191  9e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 318 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  36.97 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1470  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.644584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4789  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.187704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4703  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5088  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.375083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0771  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>