More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5996 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  84.98 
 
 		 299 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  61.72 
 
 		 298 aa  331  9e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  60.48 
 
 		 298 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  63.07 
 
 		 315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  60.62 
 
 		 298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  62.72 
 
 		 315 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  62.72 
 
 		 322 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  58.78 
 
 		 306 aa  316  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 309 aa  298  8e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  56.27 
 
 		 299 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  57.44 
 
 		 299 aa  295  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  52.74 
 
 		 300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 301 aa  282  4.0000000000000003e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 300 aa  281  9e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 299 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 300 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 328 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  54.88 
 
 		 298 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  55.1 
 
 		 304 aa  265  5e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 313 aa  245  8e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 325 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  67.59 
 
 		 152 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  67.59 
 
 		 152 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 291 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 291 aa  148  9e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 315 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 324 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  34.04 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>