More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1637 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  68.21 
 
 		 301 aa  369  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  57.19 
 
 		 298 aa  311  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 		 298 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  53.42 
 
 		 298 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  54.88 
 
 		 296 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 299 aa  291  7e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 322 aa  290  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 309 aa  289  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 315 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 306 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 313 aa  275  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  51.03 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 328 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  49.32 
 
 		 300 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  48.63 
 
 		 304 aa  235  9e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 325 aa  219  5e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 318 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 152 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 152 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.71 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 322 aa  132  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  129  9.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.54 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>