More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3834 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 295 aa  603  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  62.5 
 
 		 334 aa  354  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  62.17 
 
 		 289 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.46 
 
 		 289 aa  346  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  57.3 
 
 		 288 aa  333  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  61.3 
 
 		 284 aa  332  5e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  59.62 
 
 		 283 aa  328  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 301 aa  320  3e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  57.74 
 
 		 283 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  58.94 
 
 		 300 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  54.06 
 
 		 286 aa  296  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  53.71 
 
 		 289 aa  287  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 283 aa  279  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 291 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 322 aa  149  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 311 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  33.33 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 339 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  35 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  30.9 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.5 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.21 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  30.69 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 338 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  33.68 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 325 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  34.63 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 315 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  31.38 
 
 		 334 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 322 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  28.72 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>